中国科学院自然科学史研究所机构设置

　　自然科学史研究所设有中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室、世界科技史研究室、科技史综合研究室，以及综合人事处、科研处、财务资产处、党群监审处、图书馆、期刊编辑部和综合实验室等管理支撑部门。综合人事处包括政务、党务、人事、教育、离退休、安保、信息、物业等部分；科研处包括科研、学术、网络等部分。

　　在四个研究室的基础上，成立中外科技发展比较研究中心、科技与社会研究中心、科学传播研究中心，以及跨所的中国科学院文化遗产科技认知研究中心。

　　另有李约瑟《中国科学技术史》翻译出版委员会办公室，负责英国李约瑟(Joseph Needham)博士编著的《中国科学技术史》的翻译和出版工作。

　　曾建立马普学会中的科学史研究所在自然科学史所的伙伴小组。

　　各研究室的成员可以选择参加不同的研究中心和科研团队。