自然科学史研究所于2000年启动中科院知识创新工程项目“中国近现代科学技术发展综合研究”（张柏春、王扬宗主持），联合20多家高校及科研院所的百余位专家学者，在2003年底完成研究计划。该项目的主要成果是路甬祥院士主编，张柏春、王扬宗、董光璧和王渝生副主编的《中国近现代科学技术史研究丛书》（35种、47册），2004-2009年由山东教育出版社出版。

　　专题研究论著26种：《中国数学的西化历程》（田淼），《中国近代数学教育史稿》（李兆华），《中国近代代数史简编》（冯绪宁、袁向东），《中国现代物理学史》（董光璧），《新中国与新科学：高分子科学在现代中国的建立》（张藜），《紫金山天文台史稿》（江晓原、吴燕），《地质学与民国社会》（张九辰），《中国近现代地图学史》（廖克、喻沧），《近代西方识华生物史》（罗桂环），《静生生物调查所史稿》（胡宗刚），《中国近代疾病社会史（1912—1937）》（张大庆），《合成一个蛋白质》（熊卫民、王克迪），《永利与黄海》（陈歆文、周嘉华），《苏联技术向中国的转移（1949－1966）》（张柏春、姚芳、张久春、蒋龙），《两弹一星工程与大科学》（刘戟锋、刘艳琼、谢海燕），《中国近现代电力技术发展史》（黄晞），《中国近现代计量史稿》（关增建、孙毅霖、刘治国、苏敬），《中国铁路机车史》（张治中），《中国航天技术发展史稿》（李成智），《中国计算机产业发展之研究》（刘益东、李根群），《中国近现代减灾事业和灾害科技史》（高建国、宋正海），《科学社团在近代中国的命运》（张剑），《技术与帝国主义研究》（梁波），《当代中国技术观研究》（姜振寰），《中国近现代科技规划、计划与政策研究》（胡维佳），《中国近现代科技奖励制度》（曲安京）。

　　研究资料与工具书9种：《中国近代科技期刊源流（1792－1949）》（姚远、王睿、姚树峰等），《近代科学在中国的传播》（王扬宗），《翁文灏年谱》（李学通），《日伪时期的殖民地科研机构》（韩健平、曹幸穗、吴利薇），《中苏两国科学院科学合作资料选辑》（吴艳等），《科技“大跃进”资料选》（张志辉），《20世纪50-70年代的科学批判资料选》（胡化凯），《中国科技政策资料选辑》（胡维佳），《中国近现代科学技术史论著目录》（邹大海）。

　　《丛书》促进了我国科技史研究领域的拓展与新方法的尝试，填补了一些研究领域的空白，开创了中国近现代科技史研究的新局面。国际科学史期刊《ISIS》就《丛书》刊载多篇书评。俄罗斯科学院科技史所、中科院自然科学史所与山东教育出版社将《苏联技术向中国的转移》和《中国航天技术发展史稿》译成俄文，在圣彼得堡出版。