学术刊物是展示研究成果，开展学术交流的窗口。中国科学院自然科学史研究所历来十分重视学术刊物的编辑出版工作。早在本所前身中国自然科学史研究室成立后的第二年，就创办了《科学史集刊》（1958—1966年，共出版9期）。此后，本所创办和出版了《自然科学史研究》（承接《科学史集刊》，1982年创办，季刊）、《中国科技史杂志》（原《中国科技史料》，1980年创办，1988年之后由本所承办，季刊）、《科技史文集》（1978—1992年，共出版16辑）、《科学史译丛》（1980—1989年，季刊，共出版33期）、《科学文化评论》（2004年创办，双月刊）和《中国科学技术史（英文）》（Chinese Annals of History of Science and Technology，2017年创办，半年刊）等学术刊物。

　　目前，自然科学史研究所主办和共同主办的刊物包括《自然科学史研究》、《中国科学技术史（英文）》、《中国科技史杂志》和《科学文化评论》。其中，《自然科学史研究》是中国在科学技术史领域的国家级专业期刊，为中国科学引文数据库来源期刊、中文社会科学引文索引来源期刊。《中国科学技术史（英文）》作为我国学术界创办的第一种科技史英文期刊，致力于增进国际学术界对中国科技传统和文化多样性的理解，现已进入ProQuest和Scopus等数据库。

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